玉溪市商务局设10个内设机构。

（一）办公室。负责机关日常运转工作。承担督办检查、意识形态、宣传思想、党务、信息公开、信息化建设、机要保密、档案管理、商务运行、应急值守等工作。

（二）行政审批与政策法规科。负责行政审批、政务服务工作；负责普法、法治工作，审核规范性文件、协议、合同等；负责组织协调反倾销、反补贴、保障措施及其他与进出口公平贸易相关工作；组织开展对外贸易调查和产业损害调查；承办相关行政复议和行政诉讼事务。

（三）人事财务科。负责机关和所属事业单位日常会计核算，负责年度财务预算和财务决算；负责债权债务、固定资产管理工作；负责工资统发及个税申报；负责组织人事、机构编制、劳动工资、培训教育、老干部工作。

（四）综合科。负责党风廉政建设、综治维稳、安全生产、深化改革、对口扶贫、建议提案、信访等工作。联系指导有关行业协会、新经济组织和非公经济工作。

（五）商贸流通服务科。负责商贸流通、商贸服务行业管理事项和成品油、药品流通管理。贯彻执行国家、省连锁经营、商业特许经营等现代流通方式发展政策。统筹商务领域消费促进工作；负责商务领域信用体系建设；负责落实国内贸易行业及市场体系调控。

（六）市场流通科。负责拟订市场流通发展规划，贯彻执行国家、省、市引导市场体系建设政策措施，推进城乡商业设施及流通体系建设；对生活必需品进行市场运行监测、预测、预报分析，建立应急管理机制；指导大型商贸流通企业对重要生活必需品应急供应保障工作；配合开展商贸流通领域食品安全管理工作；开展直销服务网点核查工作。

（七）对外贸易科。贯彻国家、省对外贸易的法律法规和方针政策；拟订全市对外贸易发展规划并开展相关工作；协调指导外贸信用体系、促进体系建设，促进贸易便利化；负责进出口经营资格的登记备案工作。

（八）外资外经科。贯彻执行国家关于外商投资、国际经济合作的法律、法规和省、市政策措施；负责外资企业年度报告和利用外资统计工作；指导对外承包工程、劳务合作、罂粟替代种植等国际经济合作业务和市政府驻外商务代表处工作。

（九）电子商务科。贯彻执行国家、省、市关于电子商务发展的法律、法规和政策。拟订全市电子商务发展规划。支持中小企业电子商务应用，鼓励和支持市内企业加快运用电子商务开拓国际、国内市场；推动电子商务服务体系建设。

    （十）物流产业科。贯彻落实国家、省、市关于促进现代物流产业发展的决策部署，落实现代物流产业发展规划及产业政策；会同相关部门完善并落实现代物流产业发展扶持政策；协调推进全市现代物流产业重大项目建设及重点工作落实；培育省级、市级重点龙头物流企业；承担物流产业招商工作。