玉溪市商务局设10个内设机构。

1. 办公室：负责局机关日常工作的协调和督查，负责机关文电、会务、机要、保密、档案、信访、新闻宣传、政务公开、综治维稳、综合考核、后勤保障等工作；负责机关、所属事业单位和工会日常财务和固定资产管理；牵头负责商务领域深化改革工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作；负责协调本局的对口联系乡村振兴工作；牵头统筹商务领域安全生产工作；承办局领导交办的其他事项。

2. 人事财务科：负责市商务局党的建设工作；负责机关意识形态、宣传思想、统战及群团工作；负责机关党风廉政建设具体工作；负责机关机构编制、组织人事、队伍建设和教育培训等工作；负责机关因公出国（境）人员审批手续办理等工作；负责局机关退（离）休人员的管理和服务工作；承办局领导交办的其他事项。

3. 政策法规科（行政审批科）：负责指导商务领域行政审批、政务服务、执法监管工作；负责普法、法治工作，审核规范性文件、协议、合同等；负责组织协调反倾销、反补贴、保障措施及其他与进出口公平贸易相关工作；组织开展对外贸易调查和产业损害调查；承办相关行政复议和行政诉讼事务；负责推动“放管服”改革，优化营商环境；承办局领导交办的其他事项。

4. 经济运行科（消费促进科）：负责开展商务经济运行监测和内外贸行业统计，研判分析行业发展形势并发布有关信息；拟定商务经济运行研判报告，提出政策措施建议并组织实施；统筹商务领域消费促进工作，负责提出促进消费的工作措施和政策建议；负责商贸市场主体培育指导、统计分析工作等；承办局领导交办的其他事项。

5. 商贸流通科：负责商贸流通、商贸服务行业管理事项和药品流通管理，贯彻执行国家、省连锁经营、商业特许经营等现代流通方式发展政策；负责拟订全市成品油流通发展规划和政策，按职责分工管理成品油流通；牵头建设完善国内贸易市场组织体系，推广现代流通方式；指导社区商业发展；推进商务领域信用体系建设；推进商贸物流体系建设；负责促进绿色流通发展，推进再生资源回收和流通节能减排工作；规范商贸企业交易行为，按规定对拍卖、租赁、旧货流通等进行监督管理；负责单用途商业预付卡管理工作；负责商贸服务业的行业管理；承担内贸会展活动的协调和组织；承办局领导交办的其他事项。

6. 市场建设科：组织拟订全市市场体系建设的政策措施；推进城乡商品市场体系规划和建设；组织实施有关市场体系建设重大投资项目；指导大宗产品批发市场的规划建设；指导城乡商业网点规划发展；推进农村市场体系建设和农产品流通体系建设，促进产销衔接；监测分析商品价格信息和商品供求状况，对商品市场进行预测、预警和信息引导；负责建立生活必需品市场供应应急管理机制；负责直销服务网点核查；按有关规定对汽车流通行业进行监督管理；承担流通领域食品安全工作；承办局领导交办的其他事项。

7. 对外贸易科：贯彻国家、省对外贸易的法律法规和方针政策；拟订全市对外贸易发展规划并开展相关工作；统筹推进外贸进出口工作，规范进出口经营秩序，协调指导外贸信用体系建设，促进贸易便利化；负责协调组织企业参加在国内外举办的外经贸展会、洽谈会和招商活动；负责跨境电子商务发展促进工作，推动发展跨境电子商务零售进口、跨境电子商务海外仓网络等新业态新模式；承办局领导交办的其他事项。

8. 外资外经科：贯彻执行国家关于外商投资、国际经济合作的法律、法规和省、市政策措施；负责外商投资信息报告和利用外资统计工作；指导和管理对外投资、对外承包工程、劳务合作、罂粟替代种植等国际经济合作业务；负责市政府驻外商务代表处管理工作；承办局领导交办的其他事项。

9. 电子商务科：贯彻执行国家、省、市关于电子商务发展的法律、法规和政策；拟订全市电子商务发展规划；牵头负责农村电子商务促进工作，支持中小企业电子商务应用，促进网络消费等电子商务健康发展；推动电子商务服务体系建设，开展电子商务的统计和运行分析工作；承办局领导交办的其他事项。

10. 物流促进科：贯彻落实国家、省、市关于促进现代物流业发展的决策部署，落实现代物流业发展规划及相关政策；会同相关部门完善并落实现代物流产业发展扶持政策；协调推进全市现代物流业重大项目建设及重点工作落实；培育省级、市级重点龙头物流企业；承担物流业招商工作；承办局领导交办的其他事项。