办公室。负责机关行政管理和日常政务综合协调工作。承担机关文电、机要保密、政务信息、政务公开、综治维稳、文秘、会务、安全、信访、统计、档案等工作。办公电话：0877—2025241。

法规宣教科。负责组织或参与湖泊保护治理相关地方性法规、政府规章的起草、修订和立法规划、立法解释等工作。负责牵头湖泊保护条例和相关法律法规的普法宣传。承担合法性审查、法制审核、行政复议、行政应诉等工作。承担湖泊行政执法规范化、制度化建设工作。拟订并组织实施湖泊保护治理的宣传教育工作。承担湖泊保护治理新闻发布，新媒体平台管理运行，统筹开展涉湖舆情处置工作。统筹开展法治政府建设、扫黑除恶、社会信用体系建设等有关工作。

督办协调科。承担湖泊保护治理目标、计划、重点任务制定、考核，湖泊保护治理综合协调、督查督办工作；承担玉溪市高原湖泊保护治理专项工作机制日常工作；统筹上级湖泊保护治理调研、监督工作；配合开展巡视、生态环境保护督察等各类督察检查等相关工作。

规划审批科。负责涉湖有关规划及湖泊生态保护核心区内建设项目审查、审核，审批抚仙湖生态保护核心区科研、考古、影视拍摄和大型水上体育活动，协调涉湖县（市、区）和市级有关单位推进湖泊“两线三区”管控、湖泊周边业态布局优化及流域绿色转型发展。

生态建设科。负责统筹协调湖泊保护治理生态建设、信息化建设、基础研究等工作。负责审查抚仙湖水环境保护治理规划；审查、监督实施星云湖杞麓湖水环境保护治理规划。负责对湖泊生态环境治理、生态修复等方面具体措施的制定工作进行指导，统筹谋划湖泊保护治理项目，并督促实施。负责组织湖泊保护治理调查分析、科学研究、技术交流合作和水生生物资源调查、研究、评估等工作。

资源和水上安全管理科。负责组织湖泊水资源和渔业资源保护利用、水上安全监督、入湖船只管理有关工作。负责制定抚仙湖年度水量调度计划并上报审批。研究确定抚仙湖禁渔期，统筹实施渔业资源增殖放流、生态调控及水生生物多样性保护等有关工作。对县级湖泊管理机构的水上安全监督管理工作（水上交通运输除外）、船舶入湖许可、捕捞许可和抚仙湖渔船登记、检验、湖体取水许可等工作进行指导监督。承担“党建+河（湖）长制”有关工作，联系上级湖长履行河（湖）长制职责。统筹杞麓湖拦蓄带运行管控、汛期雨水调度防控等有关工作。

执法督导科。按照省人民政府批准的范围和权限以及玉溪市人民政府的规定，负责组织查处抚仙湖星云湖杞麓湖生态保护核心区重大或者跨县（市、区）违法行为；负责监督指导县（市、区）湖泊管理机构开展综合行政执法工作；负责组织市、县两级湖泊管理机构涉及综合行政执法举报、投诉的调查处理工作。

计划财务科。承担财务管理、国有资产管理、政府采购、统筹审计工作、内部控制管理。牵头省市级湖泊保护治理资金统筹分配、项目库管理、绩效管理等。

机关党委（人事科）。负责机关及所属事业单位党建、党风廉政建设和反腐败、精神文明、意识形态、统一战线、工青妇、机构编制、人事管理、干部教育培训、劳动工资、队伍建设及退休人员管理服务等工作。

玉溪市高原湖泊科研与项目技术服务中心。负责组织开展湖泊水资源、水环境、水生态调查分析、科学研究，建设和管理湖泊保护治理专家库，联合科研院所开展基础研究、科技攻关，开展技术交流合作工作。指导编制湖泊水环境保护治理规划。指导湖泊保护治理项目谋划、资金争取工作，建立并动态管理湖泊保护治理项目库。负责湖泊保护治理项目技术指导，对项目实施情况和资金绩效评估进行指导。