玉溪农业科技园区把创新作为发展的第一动力，持续推动农业功能创新、资源利用创新和农业投资方式创新，提高高原地区综合开发效益，促进农村产业结构调整和地方财政、农民增收。

创新工业反哺农业、以工促农、以城带乡、工农互惠、城乡一体化模式。玉溪现代农业庄园采取烟草行业工业反哺农业的模式，在土地流转、农业基础设施建设、技术指导、人员培训、管理服务、政策咨询、品牌支撑等方面提供扶持，引导组建新型农业合作经营组织，探索高原特色农业发展新模式，实现农业升级、农村发展、农民增收，推动城镇化和农业现代化同步发展。

创新新型农业经营主体。玉溪现代农业庄园探索新型农业经营主体，烟草主体成立高原特色农业种植示范区合作社管理委员会，由管委会吸引城市资本下乡，引入龙头企业带动农户成立合作社，管委会对合作社起到指导、帮扶和监管的作用，合作社按照现代企业管理理念，采取股份制合作社经营管理模式，龙头企业以资金入股，农民以村组为单位采取现金入股的方式组成集体股。

创新农民就地城镇化方式。云南高原特色农业种植示范区农民合作社通过创新合作社组织管理模式，每年提取当年可分配盈利的30%作为城镇化建设基金，为农民提供教育、医疗卫生、养老、社会保障等公共服务和社会福利，带动当地农民入社分红，同时获得就业岗位，为实现农民就地城镇化探索了一条路子。

创新传统农业种植模式。玉溪现代农业庄园突破传统农业种植模式，依托综合平台，拓展食物保障、原料供给、就业增收、生态保护、观光休闲、文化传承六大功能，推进农业现代化，延伸农业产业链，促进农民增收，构建了从第一产业种植业向第二产业农产品深加工、第三产业旅游服务纵深发展的产业链，打造生态旅游示范基地。

创新推进生态文明建设和农业可持续发展。建立生态有机生产标准体系，覆盖从种子到餐桌全过程，确保农业食品安全并提升产品市场价值。建立综合生防体系。种植示范区通过应用生态调控、生物防治、物理防治等绿色防控技术，在不使用任何化学农药的前提下，有效防控病虫害。构建生态环保体系。示范区坚持“环保、生态、安全、有机”的原则，在抚仙湖沿岸建设玉溪庄园湿地公园，在园区内构建田间循环水处理净化系统，保证种植园区内的灌溉用水不流入抚仙湖。示范园灌溉用水全部经过田间循环水处理净化系统，净化处理后的水质优于国家灌溉用水一级标准，为保护抚仙湖、解决农业面源污染提供了一条新思路。