一、内设机构

1.市委农办秘书科。简称：农办秘书科 

2.办公室。简称：办公室 

3.法规与执法监督科（行政审批科）。简称：法规与执法科（审批科）

4.发展规划科（绿色食品牌办公室）。简称：发展规划科（绿牌办）

5.计划财务科。简称：计财科 

6.农村经济管理科（乡村产业发展科）。简称：农经科（乡村产业科）

7.农村社会事业促进科。简称：社会事业科

8.科技教育与环境资源科。简称：科教环资科

9.市场与信息化科。简称：市场信息科  

10.农产品质量安全监管科。简称：农质监科 

11.种植业管理科（绿色发展科）。简称：种植业科（绿色发展科）

12.畜牧兽医与渔业科（玉溪市防治重大动物疫病指挥部办公室）。简称：畜牧渔业科（防治重大动物疫病指挥部办公室）。 

13.农机化与农田建设管理科。简称：农机农田科 

14.机关党委（人事科）。简称：机关党委（人事科）

二、局属事业单位

1.玉溪市农业科学院。简称：市农科院

2.玉溪市乡村产业发展中心。简称：市乡村产业中心

3.玉溪市农村社会事业发展中心。简称：市农村社会事业中心

4.玉溪市农业农村信息中心。简称：市农业信息中心

5.玉溪市农业机械安全监理站。简称：市农机监理站

6.玉溪市农业机械推广站（玉溪市农业机械化技术学校）。

简称：市农机站（市农机校）

7.玉溪市农村经济经营管理站。简称：市农经站

8.玉溪市农业技术推广站。简称：市农技推广站

9.玉溪市种子管理站。简称：市种子站

10.玉溪市植保植检站。简称：市植保站

11.玉溪市农田建设与土壤肥料工作站。简称：市农田土肥站

12.玉溪市农业广播电视学校。简称：市农广校

13.玉溪市畜牧站。简称：市畜牧站

14.玉溪市饲草饲料工作站。简称：市饲草站

15.玉溪市动物卫生监督所。简称：市动监所

16.玉溪市动物疫病预防控制中心。简称：市动物疫控中心。

17.玉溪市农业环境保护和农村能源工作站（玉溪市绿色食品发展中心）。简称：市农环能源站（市绿色食品中心）

18.玉溪市水产工作站。简称：市水产站

19.玉溪市农产品质量安全检验检测中心。简称：市农质检中心