玉溪市博物馆设置内设机构6个，机构规格为副科级：行政办公室、陈列展览部、藏品保管部、社会教育部、安全保卫部、外联部。

行政办公室（0877-2063860）

负责博物馆日常运转工作。承担文电、会务、人事、财务、机要、法律咨询、档案、信息、后勤保障、公车管理、固定资产管理、综合考评等工作，其中财务室在办公室主任领导下直接对法人负责。

陈列展览部 （0877-2066143）

统筹全馆陈列展览的总体规划、调整、实施。与省内外各级博物馆合作，组织实施引进各类展览；承担馆内外举办的各类陈列展览的策划、设计、陈展及协调工作；承担馆内各类展览宣传推介，承办展览开幕式、新闻发布会等工作；承担馆内各类展览项目申报和展览预算编制；承担对展览场地、器材、设备的管理、更新和改造；承担陈列展览相关领域学术研究工作；承担陈列展览规章制度的编制与修改；完成上级主管部门及馆领导交办的其他工作。

藏品保管部（0877-2060818）

负责对馆藏藏品及库房进行科学管理。承担本馆藏品的拨库工作，包括登录、编目、建档、组织定级、统计等，以及藏品的出入库管理工作；承担馆藏藏品的年度征集计划的制订及实施；依托馆藏文物、标本和资料开展相关专业研究；承担馆藏文物信息系统的建设与管理工作；协助陈列展览部完成固定陈列的展品管理与更新、维护工作；协助陈列展览部完成各类临时展览的展品交接、前期筹备工作；承担对馆藏藏品总账和档案的管理；承担文物调查、考古调查、发掘和研究工作；完成上级主管部门及馆领导交办的其他工作。 

社会教育部（0877-2065072）

负责基本陈列、专题展览及各类临时性、流动性展览的参观讲解、宣传推广工作。承担策划并组织实施针对大、中、小学生和社会不同群体的教育活动，编写普及性博物馆读物；承担爱国主义教育基地、科普教育基地、社科普及基地、民族团结进步教育基地等各类基地的申报管理及建设发展；承担志愿者工作的开展及管理；承担对观众参观学习需求的信息收集、评议及调查研究；承担社教制度的编制与修改；完成上级主管部门及馆领导交办的其他工作。

安全保卫部（0877-2066142）

负责全馆的安全保卫、防火、防盗、防破坏、防自然灾害和消防工作。承担本馆管辖空间的警戒、巡逻、电子监控等；承担安保队伍建设管理；组织全馆人员开展安防、消防演练与培训，以及安防、消防系统及设备的管理、维护；落实节假日安全检查工作；指导和督促本馆各部门建立健全各项安全管理制度；协调、督促本馆与安保公司、物业服务公司履行安保服务、物业管理服务合同中规定的相应职责；完成上级主管部门及馆领导交办的其他工作。

外联部（0877-2063860）

负责国内和国际的文化交流互动。承担博博会、文创会、文化交流会等各类国际国内文化和文博展会的对接参与工作；承担联系中国博物馆协会、云南省博物馆协会、玉溪市文博学会、玉溪市收藏家协会等各级文博组织的对接参与工作；承担与国有企业对接实施博物馆场馆盘活运营及研究文化产业发展新路；承担馆内微信公众号、官方网站等新媒体平台的运行维护；完成上级主管部门及馆领导交办的其他工作。